دفتر اول از کتاب «بررسی صریح ماجرای علامه و انقلاب: تقابل یا حمایت؟» به پژوهش تاریخی-تبیینی در خصوص نسبت علامه و انقلاب اختصاص دارد. محور این کتاب، پاسخ به شبهاتی است که از سوی چند تن از محققان معاصر در خصوص این موضوع مطرح شده است.

بعضی از این محققان مانند دکتر دینانی در صدد القای شبهه نبوده‌اند و برداشت ناصواب از برخی خاطرات آنان موجب پیدایش شبهه شده است. برخی‌ها مانند مرحوم حکیمی تنها به نقل شایعه‌ای بسنده کرده‌اند و همین شایعه بسترساز ایجاد شبهه در خوانندگان شده است. برخی‌ها مانند دکتر سید حسین نصر و استاد سیدمصطفی محقق داماد خاطراتی (مستقیم یا غیرمستقیم) از علامه نقل کرده‌اند و این خاطرات، شبهاتی را در ذهن خواننده رقم زده است. و در کنار همه آنان، محسن کدیور با دسته‌بندی این خاطرات و شایعات، و دسته‌بندی برخی موارد مبهمِ موجود در دیگر کتب تاریخی، صورت‌بندی جامعی از موضوع عرضه کرده است.

طبق آنچه کدیور ارائه می‌کند، این بی‌مهری متقابل در سال‌های پیش از انقلاب نمودهای مختلفی یافته و در سال‌های پس از پیروزی انقلاب نیز ضمن تشدید، به صورت‌های مختلفی خود را نشان داده که بارزترین و موجزترین شکل آن، جملۀ منسوب به علامۀ طباطبائی است که «این انقلاب یک شهید داشت و آن هم اسلام بود.» اما این کتاب تحقیقی، به شبهات مطرح شده پاسخ می‌دهد و رابطه علامه طباطبایی با انقلاب اسلامی را به درستی و بر مبنای اسناد روایت می‌کند. رضا اکبری آهنگری و وحید خضاب نویسندگان این مجموعه، در دفتر دوم تلاش کردند به بخش دیگری از شبهاتی که در سال¬های اخیر درباره علامه طباطبایی به وجود آوردند، به وسیله مستندات و گفت¬وگو با نزدیکان علامه پاسخ دهند. گفت¬وگو با افرادی چون سرکار خانم منصوره روزبه همسر علامه، آیات ارجمند علی¬اکبر مسعودی خمینی، هادی دوست¬محمدی، حسن رمضانی، صدرالدین حائری شیرازی و حجج اسلام سید محمدصادق قاضی طبابایی، سید حمید روحانی، مرتضی آخوندی، روح¬االه خائری شیرازی، هادی غفاری و آقای حمیدرضا نقاشیان. در بخشی از کتاب به سابقه مخالفت حکمت¬آموزی در حوزات علمیه، پیشینه تدریس فلسفه توسط علامه و امام اشاره شده است. در بخشی دیگر از کتاب، چهار روایت از علامه طهرانی، آیت¬الله مصباح یزدی¬، آیت¬الله منتظری و حجت¬الاسلام علی دوانی را مشاهده می¬کنیم. مؤلفان در بخش¬های پایانی کتاب، به علت سردشدن رابطه امام با آیت¬الله بروجردی و در نهایت جمع¬بندی و نتیجه¬گیری موضوعات موجود در کتاب پرداختند. جلد دوم از مجموعه «تاریخ شفاهی ماجرای علامه و انقلاب» در صفحه و در قطع رقعی از سوی انتشارات شهید کاظمی روانه بازار نشر شده است.
برشی از کتاب تاریخ شفاهی علامه و انقلاب:

_ خاندان آقای قاضی طباطبائی در تبریز از خاندان ممتاز علمای برجسته کشور بودند که تقریباً در جای دیگر نظیر اینها وجود ندارد. مرحوم علامه و مرحوم پدر من در چنین خاندانی تولد یافتند. پدر من آقا سید حسین قاضی از علمای قم بود. پدربزرگم هم آقا سید احمد قاضی که از عرفا و اجله آذربایجان بود. مرحوم سید علی آقای قاضی، عموی پدر من بودند. شاید بشود گفت که علامه و پدر من، حتی از طفولیت و نوجوانی با هم بزرگ شدند. البته پدر من، از مرحوم علامه چند سال بزرگتر بود. پدرم ۱۳۱۷ بود و مرحوم علامه ۱۳۲۱ قمری. تقریبا از اول عمر با هم بودند تا آخر. در دوران طلبگی، مرحوم علامه طباطبائی از شاگردان آقا سید احمد قاضی بودند که آقا سید احمد جدّ من بود و برادر سید علی آقای قاضی. بعد هم وارد مدرسه طالبیه تبریز شدند.